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Ce qui est étonnant, c'est que cela ne semble toucher que les modèles essence (aussi bien sur le CR-V que sur la Civic).

J'allais faire la remarque.
Sur mon I-DTEC, je n'ai jamais eu ce soucis et Dieu sait qu'il a peu roulé cette année.

Peut-être parce que les batteries sont généralement plus costauds sur les diesels que sur les essences?

C'est peut-être bien ça la bonne explication  +1

Ah OK, merci de ta réponse! Mais concrètement, OK il signale cela, mais que faut-il faire, et que va t'il se passer si on ne fait rien?

Il n'y a rien à faire.
Lui va privilégier l'économie de carburant par rapport à la consigne de température. Je ne sais pas dans quelles limites. Lorsque j'ai eu cela, le feu est toujours repassé au vert avant que la voiture redémarre d'elle même pour maintenir la température.
Mais si toi tu estimes que la température devient insoutenable, tu peux toujours faire redémarrer le moteur (avancer un tout petit peu, ou donner un coup de volant, il me semble que bouger le volant fait redémarrer)

Je ne pense pas car le S&S se réactive lorsque la charge de la batterie est satisfaisante et ceci sans bidouille manuelle.

Il a suffit d'en parler ... le S&S s'est remis à fonctionner sur le mien depuis hier 

Au niveau de la batterie, c'est vrai que celle du CR-V 3 i-VTEC était un peu faiblarde mais il me semble qu'ils ont corrigé le tir sur le 4 et qu'elle est quasiment de la même capacité que celle de son homologue diesel maintenant.

Peut-être que l'alternateur est différent et charge moins sur le modèle essence?

Ça fait beaucoup de fois me semble-t'il que cela t'arrive. 

Oui, et je réalise un truc... Je suis rentré de vacances (genre 3000kms en 1 mois) le 20 août: voiture direction garage.
Dimanche, je la ressors et j'ai eu le voyant batterie pas assez chargée qui bloque le S&S !
Quelques kms, et c'est bon...
C'est moi, ou il y a un problème (de batterie) ?

Oui, et je réalise un truc... Je suis rentré de vacances (genre 3000kms en 1 mois) le 20 août: voiture direction garage.
Dimanche, je la ressors et j'ai eu le voyant batterie pas assez chargée qui bloque le S&S !
Quelques kms, et c'est bon...
C'est moi, ou il y a un problème (de batterie) ?

Cela me le fait aussi si je ne roule pas avec la voiture durant quelques jours.  Cela ne m'inquiète pas plus que ça 

Le Stop/Start c'est mal 

Sur un moteur essence, cela ne me dérange pas ... par contre, l'autre jour, j'ai entendu un Q3 TDI qui sortait du parking au boulot ... déjà il claquait horriblement mais quand je l'ai entendu s'arrêter en attendant que la porte s'ouvre, cela m'a fait mal (enfin ... du bien aussi pour les oreilles)